档案整理首先要保持历史联系的关联性
某些档案材料由于保存的时间较长，其自身和档案整理体系都会发生某些变化，也要对其进行相应的调整。对零散文件的整理，且对档案进行全过程的整理工作，包括区分全宗类档案的分类。整理工作的基本原则是大方向的整理，首先就是必须保持文件之间真实历史的联系，而文件之间历史联系主要体现为文件在其来源、形成、时间、内容和形式等方面密不可分的关联性。因此我们这个原则，首先要保持文件之间这种历史联系以及各个方面的关联性。
档案整理的两大要素
①系统排列和编目
在正常条件下，档案室接收文书部门和业务部门按照归档要求立好的案卷，档案馆接收各机关按照入馆要求整理移交的案卷。档案馆和档案室的整理任务，主要是检查案卷质量，制订馆(室)内分类排列方案，进行案卷和全宗的系统排列以及案卷目录的加工
②局部调整
对已接收但不完全符合整理要求的案卷，进行必要的部分加工整理；对由于遭受损失、销毁与移出等各种原因致使整理体系发生重大变化的档案,进行新的系统化调整
档案的文件材料整理需要科学和技术
文件材料的整理是按照科学的方法和规则进行的，是一项技术性的工作。对归档的文件材料进行科学的整理是档案室的主要任务之一。通过档案收集工作集中到档案馆，只有经过科学整理，使零散的文件资料实现条理、秩序，并将其中的关键成分通过整理凸现出来，才能有效地提供利用。因此，文件材料归档整理工作是档案业务的中心环节。