湿地系统中的微生物是降解水体中污染物的主力军。好氧微生物通过呼吸作用，将废水中的大部分有机物分解成为二氧化碳和水，厌氧细菌将有机物质分解成二氧化碳和，硝化细菌将铵盐硝化，反硝化细菌将硝态氮还原成氮气，等等。通过这一系列的作用，污水中的主要有机污染物都能得到降解同化，成为微生物细胞的一部分，其余的变成对环境无害的无机物质回归到自然界中。
人工湿地分为表面径流人工湿地和人工潜流湿地。人工湿地与传统污水处理厂相比具有投资少、运行成本低等明显优势，在农村地区，由于人口密度相对较小，人工湿地同传统污水处理厂相比，一般投资可节省1/3—1/2。在处理过程中，人工湿地基本上采用重力自流的方式，处理过程中基本无能耗，运行费用低，污水处理厂处理每吨废水的价格在1元左右，而人工湿地平均不到2毛。因此，在人口密度较低的农村地区，建设人工湿地比传统污水处理厂更加经济。
在根须较少和达到的地方将形成兼性区和厌氧区：发生兼性微生物和厌氧微生物降解有机物 的作用 由于这种基质中好氧区和厌氧区的同时存在，十分利于硝化和反硝化反应的进行面达到除氮效果。人工湿地净化污水的原理正是物理沉积、化学反应和生化反应的综合作用，植物就如同一个廉价而又精妙的曝气机。 三、填料在人工湿地中的作用 在人工湿地处理系统中，填料是人工湿地的基质与载体，填料的所有理化性状都将影响到它对污水的处理效果。填料通过对污染物的物理过滤、