第二阶段为酸化阶段;产氢产菌将阶段生成的有机酸和醇继续分解成简单的有机酸，同时生成气气和二氧化碳。第三阶段为化阶段;产菌将第二阶段生成的小分了物质转化为和二氧化碳气体，即发酵的终产物沼气。沼气的发酵过程
阶段是液化阶段由微生物的包外酶(如纤维素酶、淀粉酶和蛋白酶等)对有机物质进行体外酶解，将多糖水解成单糖或二糖、蛋白质分解成多肽和氨基酸。通过体外酶解将固体物质转变成可溶于水的物质，这些物质进入微生物细胞，参与细胞内的生物化学反应。
2016年10月国家能源局发布《生物质能发展“十三五”规划》，提出因地制宜发展沼气发电。
2019 年10月30日，国家发改委发布《产业结构调整指导目录(2019年本)》，鼓励农村可再生资源综合利用开发工程，包括沼气工程、沼气发电等;鼓励以农作物秸秆、生活垃圾等各类城乡有机废弃物为原料的大型沼气和生物生产成套设备。
2020年9月国家发改委等《完善生物质发电项目建设运行的实施方案》进一步完善生物质发电建设运行管理,合理安排2020年中央新物质发电补贴资金,促进生物质发电行业持续健康发展。
政策促进产业发展 目前，我国沼气发电工程数量较少，装机规模较小，发展速度比较缓慢。原因是多方面的，但的原因是现有机制严重制约沼气发电的发展。首先，我国尚未建立严格的环境污染处罚体系，禽畜粪便和工业有机废水超标排放的企业不需要为自身造成的环境污染等支付相应的成本，致使企业缺乏投资沼气工程治理污染的积极性；其次，目前沼气发电工程建设规模一般较小，潜在的电站数量较大，电网运行管理成本较高，属于典型的分布式发电。我国目前尚缺乏大规模分布式电站运行管理的经验，致使沼气发电的并网和售电遇到许多困难。