水质监测中质量控制的主要内容：数据审核的质量控制检测结果的准确性对水质监测具有十分重要的作用。检测结果数据作为水质监测的依据，必须做到准确无误，样品检测完成后，检测人员要认真填写监测数据，较大限度的保证监测数据的完整性、准确性和可追溯性。水质监测要求检测数据遵循三级审核制度。首先，认真填写检测结果，并相互进行审核比对，确保检测结果填写准确无误；其次，检测结果填写完成后需上级部门签字确认，并且认真核对检测结果；然后，检测结果经签字确认后，再次进行数据核对，确保检测结果准确无误。
水质监测阶段的质量控制：选择合适的水质监测位置。根据水源的不同，选择的监测点也不一样。如针对地下水要在水流垂直方向位置来设置监测点，同时在水流平行方向位置再设置另一个监测点，由于地下水容易渗透形成块状污染，这样设置可以有效的防止水污染从两个方向扩散。而对于渗透度相对较小的蓄水层和渗井来说，选择水源监测点好的距离比较近，这样能够有效的避免污染。因此在设置监测点位时需要将污染物的分布情况以及扩散度等因素都要考虑进去，另外还要根据当地的具体环境，使水质监测的更为有准确性。
除此之外，水质监测对于环境治理、科学研究等方面也有重要的意义。通过监测得到的详细数据，可以确定区域内水质污染的来源、污染的路径、消长规律等，还能对以前的预防和治理效果进行检测，这些对预防和治理水污染有重要作用，对进一步的水环境研究有清晰的指导作用。
水质监测数据是水质监测的成果和监测的产品，反映了水质质量的状况和变化趋势，说明了水体污染源排放的状况，体现了水体潜在的水质风险。准确、有效的、能够反映水体实际状况的水质监测数据将有效能够提升政府的公信力，能够恰如其分的满足百姓知情权的需要，同时，水质监测数据的准确与否将直接关系到监测分析机构的形象。
水质监测的原始监测数据需要经过标准化处理，因为影响水质质量的各种指标的性质、量纲和尺度不同，它们的浓度差别较大，如水质化学需氧量的平均浓度为80.83mg/L，而镉的平均浓度是0.00017mg/L，若不经过标准化处理，则在分类中化学需氧量的作用将远大于镉的作用。
由于不加处理的水质监测原始实测数据指标是无法进行比较的，为了消除由于量纲的不同可能带来的一些不合理的影响，应先对水质监测原始数据进行统一标准化。对水质监测原始数据进行标准化，即对同一变量减去其均值，再除以标准差，以消除原始水质监测数据之间的量纲影响，使标准化后的监测数据具备可比性。