需要考虑食品车间净化工程的系统稳定性，包括环境控制系统的运行稳定性、设备选型的稳定性和通风管道的稳定性等。净化工程需要对医院人员进行培训，使其能够正确使用洁净工具及设备，并保证洁净区域的使用符合规范。为了维护车间内的高洁净度，车间必须经过定期的自我检测或第三方检测，以确保车间的洁净度达到特定的标准要求，保障车间生产线稳定正常运行。
这样会导致空调整体运行费用，而那些较高洁净级别的房间的洁净度效果却未必能满足需求。而且集中送风系统只要空调机出现故障，就会造成这台空调机所涉及的全部洁净室停止运行。由于净化车间(如百级间)需要百级甚至十级层流罩用以解决工艺需求，洁净室吊顶上部将设立一个个巨大的送风静压箱，静压箱内设立通风机，这些静压箱连同送风管、回风管占据了很大的空间，使得维修空间变的狭小，有时甚至影响消防通道的使用。跟着社会的发展，人们对食物的要求也越来越高，一些出产食物以及药品等的百级无尘车间要求也是非常高的。俗话说病从口入，假如出产食物或的百级无尘车间不符合要求，那么出产出来后谁敢食用啊。
净化车间材料是净化厂房墙、顶板材一般多采用50mm厚的夹芯彩钢板制造，其特点为美观、刚性强、保温性能好、易施工。圆弧墙角、门、窗框等一般采用氧化铝型材制造地面可采用环氧自流坪地坪或耐磨塑料地板，有防静电要求的，可选用防静电型。采用多档开关控制方式优点是控制简单、成本低，但存在许多缺陷，比如能耗大、不能平滑调速、没有反馈信号、不能实现灵活的组群1控制等。净化车间风机外壳的选择：由于净化车间工程的厂房按照不同的使用要求，会有不同的级别要求，如10级、100级、10000级等，这就使得净化车间工程存在不易克服的问题，而风机过滤器单元(简称FFU)的出现相对解决了这些问题。