开始使用时要先提升旋耕机，结合动力输出轴使其达到额定转速后在下降旋耕机，使刀片插入土中，有的人在使用旋耕机时直接下降旋耕机是刀片插入土中，这种做法是不正确的，这会使刀片弯曲甚至折断，行进中的速度不要太快，以便于将土块耕碎，还可以减轻机件的磨损，在地头转弯时，要抬起旋耕机使刀片离开地面，当然角度也不用太大，这时候还要减小拖拉机油门。
现在微耕机质量参差不齐，各种价格也有。有的商家为了增加卖点，提高售价，营销手段可谓五花八门。从微耕机配套的发动机来看，很多厂家的设备已经开始匹配十马力以上的车型，这与微耕机轻便的发展初衷相去甚远。所谓的大马力是没有实际用途的，微耕机的上游配件并不支持这么大的功率。由现有皮带驱动微耕机的结构决定，它能大限度地承受180柴油机的负荷。
微耕机在作业过程中，如果发现有异常声响要立即停机检查，排除故障后再进行工作。操作微耕机时，请穿适合工作的服装及防滑鞋，始终注意脚下，避免滑倒或摔倒，以改善在湿滑地面立足的稳定性。机器运转时，请按照要求做防护，严禁接近高速旋转的刀具。手和脚不得接近旋转部或放在旋转部件下。消声器外表面温度很高，请勿直接接触，谨防高温伤害。